1300-1600
Au moment de la fondation de la ville, la ville ne compte que trois rues autour d'une église (à l'emplacement de l'actuelle cathédrale) entourées par une muraille et un port. L'église est édifiée en l'honneur de saint Jacques (Santiago en castillan) dont l'un des chemins de pèlerinage qui lui est consacré : le Camino del Norte du pèlerinage de Saint-Jacques-de-Compostelle passe par la ville.
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La ville grandit lentement mais sans discontinuer dans la zone actuelle du quartier des sept rues, et bénéficie des privilèges accordés par les seigneurs de Biscaye. Au XVe siècle, la ville compte environ 3 000 habitants.
En 1511, Jeanne Ire d'Espagne crée le Consulado de Bilbao, un organe influent chargé de la gestion du port de Bilbao et donc du commerce qui s'y opère.
1600-1900
En 1602, la ville devient capitale de la Biscaye, en succédant à la ville de Bermeo. Des gisements de fer abondants sont découverts dans les collines entourant la ville, permettant à celle-ci de diversifier son commerce qui était auparavant axé sur les produits issus de l'agriculture.
La révolution industrielle, au XIXe siècle, permet d'exploiter les mines de fer à grande échelle, et partant, de développer les industries métallurgiques et sidérurgiques. La croissance de la ville et le développement du commerce lié à la révolution industrielle entraînent le développement des activités de soutien (création du Banco de Bilbao en 1857, de la bourse de Bilbao en 1890, de la première ligne de chemin de fer pour le transport du minerai en 1865…) :
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En matière d'urbanisme, la croissance de la ville entraîne la planification de la construction d'un nouveau quartier, Ensanche, au moment de l'annexion du village d'Abando en 1876 qui permet de doubler la superficie de la ville. Enfin, en 1886, l'université de Deusto, la première université de la ville est établie. La richesse économique de la ville explique pourquoi elle fut assiégée à quatre reprises lors des guerres carlistes, sans jamais être conquise.
LE XXe SIÈCLE
Au début du XXe siècle, la ville est l'une des plus riches d'Espagne et de nombreuses grandes compagnies s'y établissent : Euskalduna en 1900 (construction de bateaux), Ibérduero (l'actuel Iberdrola, par fusion avec Hidroelectrica Española, qui apportait l'énergie électrique dans la ville en 1904), Altos Hornos de Viscaya en 1902 (appartenant actuellement au groupe Arcelor depuis la disparition d'Aceralia),…
De plus, la ville s'étend progressivement par l'annexion de communes environnantes, notamment Deusto en 1925, et de nouveaux quartiers sont aménagés comme Basurto ou Begona. La guerre civile met un frein au développement de la ville.
Un camp de prisonniers pour les soldats de l’Armée populaire de la République espagnole est installé au couvent des Escolapios et plusieurs milliers de prisonniers y sont enfermés.
La crise industrielle des années 1980 a jusqu'à récemment donné à Bilbao l'image d'une ville polluée et constituée de nombreuses friches industrielles, conséquences des difficultés des entreprises dont les activités étaient fondées sur la métallurgie et la sidérurgie. Pour gommer cette image la municipalité a entrepris, avec succès, de nombreux programmes parallèles à la reconversion économique vers les activités de services et les activités industrielles à plus forte valeur ajoutée.
Portant les stigmates de la crise économique des années 1980 qui a ravagé l’industrie basque espagnole, Bilbao entame sa renaissance en 1989 en lançant un vaste plan de revitalisation urbaine. L’effort financier est considérable : 735 millions d’euros sont investis par « Bilbao ría 2000 », une société anonyme qui compte pour actionnaires le gouvernement basque, la province de Biscaye et les municipalités concernées.
Le projet phare de ce plan de revitalisation est la construction du musée Guggenheim. En 1991, Bilbao présente sa candidature à la Fondation Solomon R. Guggenheim pour accueillir leur antenne européenne. Dès 1997, soit huit ans seulement après le lancement du programme, la métamorphose de la ville est déjà évidente.
Les façades de la cité « noire » sont rénovées. De grands programmes urbanistiques sont engagés et une politique ambitieuse d’équipement public est lancée. Pour chacun de ces équipements, un mot d’ordre : la qualité architecturale.
Actuellement Bilbao est principalement un centre administratif et de services, et ce sont les communes environnantes qui abritent l'activité industrielle (sidérurgie, construction navale, parc technologique de Zamudio…) Le relief et l'hydrographie de la région déterminent le développement urbain et économique.
Les activités portuaires et industrielles, déplacées à 10km en aval, libèrent enfin les berges du centre-ville. Bilbao se tourne à nouveau vers son fleuve, le Nervion. Cette réappropriation de la ría par la ville va se poursuivre dans les prochaines années. Un plan d’aménagement des friches industrielles de la péninsule artificielle de Zorrotzaurre, élaboré par l’architecte anglo-irakienne Zaha Hadid, prévoit par exemple la construction de plus de 5 000 logements et plusieurs ponts et passerelles sur le fleuve.
En quelques années, Bilbao devient une ville touristique. Entre 1992 et 2002, le nombre de nuitées passées double, permettant de créer 6 000 places hôtelières. En 2014, Bilbao connaît une affluence record, dépassant pour la première fois celle de la très prisée ville balnéaire de Saint-Sébastien.
Il faut souligner l’impact environnemental de cette politique de reconversion urbaine. Les grands travaux se sont en effet accompagnés de mesures importantes visant à améliorer le cadre de vie. Les usines vétustes ont été supprimées ou rénovées et des zones économiques modernes ont été construites pour accueillir les entreprises.
En 2004, Bilbao a ainsi reçu le prix du meilleur projet urbain du monde, au cours de la biennale de Venise (prix « Città d’acqua ») ainsi que le prix européen de planification urbaine et régionale. En 2013, la Fondation Pfizer lui décernait le prix de « la ville espagnole la plus saine ». Bilbao préside par ailleurs l’Association Internationale des Villes et Ports.
La ville continue d’évoluer de manière ambitieuse en misant notamment sur l’innovation et la connaissance. Un plan intitulé « Stratégie 2001 : Bilbao cité globale » vise à développer les initiatives et les activités économiques à haute valeur ajoutée tout en continuant à favoriser un cadre de vie harmonieux pour les entreprises et les habitants.
Bilbao possède les titres de Muy Noble y Muy Leal e Invicta. En 1475 les Rois catholiques desservent le titre de ville noble et en 1603 Philippe III lui donna celui de Muy Noble y Muy Leal. La reine María Cristina lui accorda, en 1837, celui d'Invicta pour avoir résisté à l'attaque de l'armée carliste.